醫(yī)用污水處理的原則是：分質(zhì)分流，局部分隔治理，把污染就近消滅在污染源。主要處理方法為沉淀與消毒。我國常用的消毒劑為液氯，近年來，為了提高消毒效率及不產(chǎn)生二次污染多趨向采用臭氧化法消毒，消毒處理后均可達到排放標準。處理過程中產(chǎn)生的污泥常采用石灰消毒法及高溫堆肥法進行處理。

對于綜合醫(yī)院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環(huán)境產(chǎn)生的不良影響。 醫(yī)用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫(yī)用污水中一般采用混凝沉淀工藝。

傳染病醫(yī)院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調(diào)節(jié)池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構筑物須在密閉的環(huán)境中運行，通過統(tǒng)一的通風系統(tǒng)進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統(tǒng) 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續(xù)消毒。 適用于傳染病醫(yī)院(包括帶傳染病房的綜合醫(yī)院)和排入自然水體的綜合醫(yī)院處理。

簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區(qū)、厭氧濾池和沉淀過濾區(qū)。三區(qū)的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質(zhì)，進一步去除和降解有機污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，出水質(zhì)量。所產(chǎn)生沼氣根據(jù)氣量大小作不同的處理，當1m3污泥制取沼氣達15m3以上時，收集利用；當1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優(yōu)于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠山區(qū)、經(jīng)濟欠發(fā)達地區(qū)醫(yī)用處理的過渡措施，逐步實現(xiàn)二級處理或加強處理效果的處理。
醫(yī)療廢水來自醫(yī)院，含有大量的病原細菌、病毒和化學藥劑，需要特殊工藝處理。醫(yī)療污水主要是從醫(yī)院的診療室、化驗室、病房、洗衣房、X片照相室和手術室等排放的污水，其污水來源及成分十分復雜。醫(yī)院污水中含有大量的病原細菌、病毒和化學藥劑，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染的特征。
根據(jù)國家環(huán)?？偩值挠嘘P規(guī)定（國家環(huán)?？偩?醫(yī)院污水處理技術指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號 ），將各類醫(yī)院按性質(zhì)分為綜合醫(yī)院和傳染病醫(yī)院兩類，與衛(wèi)生系統(tǒng)對醫(yī)院及醫(yī)療機構的劃分方法有差別。其中傳染病醫(yī)院指傳染性疾病專科醫(yī)院和帶傳染病房的綜合醫(yī)院，綜合醫(yī)院為不帶傳染病房的綜合醫(yī)院和各類非傳染性疾病的?？漆t(yī)院。醫(yī)院污水凈化包括綜合醫(yī)院、中醫(yī)醫(yī)院、中西醫(yī)結合醫(yī)院、民族醫(yī)院和?？漆t(yī)院（傳染病醫(yī)院（包括結核病院）、心血管病醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、口腔醫(yī)院、婦產(chǎn)科醫(yī)院和精神病醫(yī)院等等）各類醫(yī)院污水的處理，同時也包括療養(yǎng)院、康復醫(yī)院等其它醫(yī)療機構和獸醫(yī)院的污水處理工程。